为什么办理入职要求学历证书原件和复印件呢？

劳动合同法第九条规定:用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件。

你公司要求你将毕业证，专业资格证书原件交由公司保管，可能有这样一种情况，国家对一些特殊行业要进行监管，对公司内的专业人员有从业资格的要求。因此，每年要进行年检审核，其中专业技术人员的证件就是年检的重点项目，被检查公司按国家的规定应有多少专业技术人员，而这些人员的学历，职称，岗位职业技能证书就是必检材料。

因此，单位保留你的相关证件可能与上述有关。如果是扣押证件就违法了。建议你与公司沟通一下妥善解决。