折叠纸盒的印刷是当前柔性版印刷的一个热点。由于市场向“少量多样”发展的趋势，联机生产的柔印机能够提供很快的交货时间、更高的生产利润，越来越多的纸盒印刷采用柔印来替换凹印与胶印。折叠纸盒的生产工艺一般是先印刷，然后做印后加工处理，如烫金、上光、压痕等，最后模切成型。
在每一生产工序之后都会出现大量的半成品，而这些半成品在进入下一生产工序之前，都需要花费大量的时间和精力来运输处理，并提供宽敞的空间来存放。在脱机作业方式中，在印刷完毕之后，印张要送到烫金部门进行第二次加工，再送到第三台设备上压痕，再送到模切部门进行第四次加工……每个加工环节设备的误差便成为影响质量的关键。
此外，每个步骤均需花费时间去调试设备，耗费材料试印，一旦某个工序出现故障或错误，将会造成工序停滞。而联机生产的柔印机，将印刷和印后加工在同一设备通过一次走纸就全部完成。承印材料（料卷）由印刷机的一端进入，另一端生产出来的印品马上可以直接送进糊盒机了，真正做到“零库存、无浪费”。
作业步骤减少、印品质量容易控制，提高了生产效率，减少工厂错误发生的概率，降低了生产成本。除了上述的优势之外，联机生产的柔印机能够印制更多类型的承印材料，从塑料薄膜到厚纸板，均可印刷。以给药厂提供折叠纸盒和说明书的折叠纸盒印刷企业为例。提供药盒成品时，需将药品说明书放入药盒中。
采用柔性版印刷机与包装物灌充机组成联机系统即可解决这个问题。这一系统不但能节约生产原材料，节省整个生产工艺流程中约80%的劳动力，而且极大保证了填充的准确性。以前在药品包装时，人们一般都要在糊盒机上加装机器识别系统，以识别包装盒上的识别条形码，从而确保包装物与内容物相匹配。
印刷的幅宽常常会认为是柔印的不足之处，其实，反而是利多于弊。在窄幅柔印机上印制纸盒，能够节省下很多模具和印版的成本。在窄幅印刷机容易转换作业，清洗设备也容易得多。一般来说，50cm幅宽的柔印机是印制纸盒的最佳宽度。不仅适合少量印件的较大纸盒，也适合于大量印刷的小纸盒，因为可以一次印制二联或三联。