众所周知指挥部在战争中发挥着重要作用，它能对战争走向产生重大影响。那么桌面兵棋如何让指挥所发挥其作用?首先，我们先了解一下真实指挥部的作用。美国相关条令指出，指挥所具备以下六大职能：
1、获取信息
2、发布信息
3、分析信息
4、提交建议给指挥官
5、整合资源
6、同步资源
对于大部分桌面兵棋来说，对阵员只要看看地图，研究一下棋子，做出决定就能实现前三项功能，进而促进第四项功能的落实。在许多兵棋中，对阵员也可以执行第五项和第六项任务。对阵员只要看推演地图就能获取信息。通常对阵员可随时查看指挥部（远离战场，仅通过无线电通信）收到的信息。单位就在他们“指示”的位置，其当前状态和能力也易于了解。总体来讲，获得战场总体部署信息并不困难。
同样，信息发布也可以立即完成。除非有专门设定，如果对阵员决定将整个前线左移，一般不会因为无线电传输失败或者下属单位疏忽造成计划无法实施。单位从攻击转为防御后，执行新命令也不需要发布书面指令、新地图图形等。
对阵员也能够分析信息。平心而论，这种分析与现实中指挥部进行的分析没有太大差异。对阵员会根据计划分析当前态势，然后做出适当调整，确保计划和任务的全面实施。分析人员会研究情报，了解当前友方单位和后勤的状况，并考量其他相关因素。
对阵员会向真正指挥部那样制定类似决定并进行调整。不同的是，对阵员不会通过图表或图形呈现处理后的信息。在真正的指挥所，这些图表主要用来保持指挥所人员之间信息的连贯性。他们需要轮班工作，配置于多个团队，没有充足的睡眠，还要承受巨大的压力。图表或图形展示方法有利于信息在人员之间的快速准确传递。而在兵棋推演中，对阵员只需在自己的大脑中传递信息，跟踪、分析、生成结果或持续更新等不需要体现的非常详细。
在桌面兵棋中，向指挥官提交建议的相关度较低。在真正战争中出于安全考虑指挥所距离真正战场较远。但指挥官并非如此，在紧张激烈的战争中指挥官就在前线指挥战斗。在何时通过何种方式对战斗做哪些调整有助于完成任务的建议，主要由指挥部的参谋给出，然后再传达给正在前线战斗的指挥官。
在桌面战场上，资源的整合和同步可以通过代表性单位实现。就整合资源而言，指挥部单位可与后勤协调，维护补给线，保障补给的高速流通和有效分配。指挥部单位也可促进单位补充和修理方面的资源整合，使部队在指挥部的监督下重新获得失去的战斗力。同时指挥部单位可以调整战场上所有单位的位置来实现资源整合。
推演过程中这些效果也可通过多种方式表现。指挥部单位的存在与否会影响补给的流动速度。它也能让受损单位的修理成为可能，能确定补充单位进入推演的点。指挥链也可根据单位委派至具体指挥部的方式进行一定的更改。
在桌面兵棋中战场上的资源同步也可以通过指挥部单位实现。资源同步即恰当部署战场单位，使它们在合适的时间和地点最大程度地相互支援。在战术层面上，资源同步可能是确保负责掩护射击的排，在执行攻击任务排横扫目标前的最后一刻，取消或转移压制火力。在战役层面，可以是蓄意攻击预备防御力量前，炮兵弹幕射击的时机，或者是后备力量做好准备灵活利用战场上的任何弱点。在覆盖整个战场的兵棋中，资源同步可能还涉及其他内容，比如空中战役、海洋轰炸或拦截、两栖攻击或者军民互动等。
那么如何在推演中实现这些效果？连级指挥官可以合并各个排的攻击值（即使它们不在同一六角格中）。在战役层面，炮兵可以加入其它攻击任务而非单独战斗。此外如果指挥部在战斗中的适当时间使用后备单位，可以给予该单位机动奖励。在战场/战略层面，指挥部单位可增强空袭杀伤力，或者基于其他控制飞机的能力进行额外打击。
和真正的战斗指挥态势一样，不同桌面兵棋的作用也不同。指挥部和指挥所是各类人员制定决策、更新态势、调整方案、共享信息的场所，每个人都有自己的专业领域。兵棋人员要将所有这些方面铭记于心，在一个回合中扮演多种角色。在制定决策之前他们不仅要直观地面对战场，还要抽象地比较当前态势与原始计划的一致性。确定决策之后，它们还要根据战场态势的变化进行相关调整。兵棋中的指挥部单位还可用来整合对阵员可使用的工具。此外，指挥部单位可用来同步战斗力，最大化单位互动效果，给敌人最致命地打击。要记住一定要保护好指挥部单位，避免指挥部遭受攻击。