你是说要存储为一个背景为透明的标志水印吗，可以存为png格式，png格式是支持透明背景的！
关于水印滤镜参考下文
简单地讲，也就是给图片加上版权保护信息。
从photoshop4.0版中开始出现水印功能，在5.0和以后版本中都保留了这个功能。简单地说photoshop的水印功能就是给图像加上水印，图像的作者可以加上版权信息和联络电话等信息，以提醒使用者注意图像的版权归属，也可以让使用者与作者进行沟通。图像中的水印加入在图像特殊的通道(channel)中，它既不会对图像有影响，也不会因为对图像进行操作而影响水印。在使用这项技术之前，你必须在digimarction进行注册，digimarc创建了艺术家、设计者、摄景家以及他们个人信息的数据库，只有这样，用户才能获得一个个人认证号码，才可将此号码与使用权权限作为水印加入在图像中，在打开图像时，photoshop每次都会自动搜索水印，如photoshop发现水印，则在标题栏上显示版权信息，同时，提醒用户阅读水印以查明图像的拥有者。
photoshop的水印功能分为嵌入和阅读水印两种，下面分别介绍:
一、嵌入水印
1、打开一个图像文件，需要注意的是，对于一个文件，你写入水印的机会只有一次。
2、选择[滤镜(filter)/digimarc/嵌入水印]菜单，会出来一个注册信息。
3、假如你是第一次使用水印功能，注册窗口出来后会显示picturemarc演示版，你可以单击个人注册按钮，通过web浏览器会将你带入digimarc节点以获取用户个人认证号(creatorid)，如果你的e文口语自认一流的话也可以通过电话与digimarc取得联系来获取个人认证号码。但是老实说我看意义不大，烦琐的注册程序我不认为你坚持得下来，其他版权年份、图像属性、水印耐久性可以视情况自定。
4、单击ok完成嵌入水印。
二、读取水印
1、同样，打开图像，选择滤镱/digimarc菜单下的读取水印，假如photoshop发现水印，一个对话框将显示出作者的身份、你的使用权限等个人信息。
2、上一步你已和作者作了初步的交流，如想要获得更多的信息，可以点击web查询，通过web浏览器可以查询到作者在digimarc上登记的信息。如果你目的是用于商业目的，有必要的话还可以拨打web查询得来的电话直接联系作者，以获得作者的授权。
水印功能在一些商业场合表现了它的作用，它大大方便了用户和作者之间的沟通，现在不是什么都讲版权嘛，这是一种大的趋势，而水印功能也切实解决了图像使用权限上的纠纷。