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建议封面封底书脊与内页分开做，因为一般印刷的话，封面和内页的纸张、印刷工艺都不一样，所以你放在一起，人家也要再分开来印。所以封面部分要单独一个文件。
如果内页部分也是几个PDF，建议合为一个，因为印刷厂拼版的时候要统观全局，然后软件自动拼版，有可能第一页的要和后几页的拼在一张上，如果是分开的会很麻烦。
因为封面部分是单独文件，书脊厚度的计算又跟后期纸张、工艺有很大关系，一般设计不能确定，需要更改，这样AI就比ID方便多了，而且ID主要还是个排版软件，设计能力比AI差很多，而封面又以图形图像为主，充满艺术性，所以建议用AI，不用ID。