纸质本来有水印，和图片本来有水印，必须用图像处理工具编辑。例如用万能的Photoshop。跟是否转换为PDF无关。
PDF格式文件有一种是原生态的WORD文档生成的PDF，水印这些应该是Word本身预设的，可以编辑Word后，重新生产PDF格式。没有源文档就没办法了；PDF的另外一种只是每一张图片凑成的一个整体文档。无论是一般照片，还是扫描的图片，都是无法二次编辑的。
有水印的文件，无非是发票，第三方正式的报告，一些有版权的文件等。水印作用就是为了声明版权，防止二次编辑。所以建议不要弄虚作假做违法行为。毕竟知识版权，行业诚信很重要。
单纯从技术角度说，以Photoshop为例，可以有多重方法处理。橡皮擦，仿制图章，蒙版等。
首先第一步是要把PDF中的图片“复制图片”出来，另存为一张单独图片。用PS打开，按照以下步骤进行处理。
一、橡皮擦。右键调整大小，浓淡程度就可以擦除。
二、仿制图章工具：
1、按“ALT键”+“选取用来盖住该区域的部分”。该区域部分跟要被修改的部分，底色越接近越好。
2、松开ALT键，用鼠标点击需要修改的区域。就可以用刚才选中区域覆盖掉。
以上两部分方法都要放大图像，调小笔画大小，一点一点去修改。耐心跟细心缺一不可。